Genomic and Proteomic Characterization of the Broad-Host-Range Salmonella Phage PVP-SE1: Creation of a New Phage Genus
Notice bibliographique
Résumé
(Bacterio)phage PVP-SE1, isolated from a German wastewater plant, presents a high potential value as a biocontrol agent and as a diagnostic tool, even compared to the well-studied typing phage Felix 01, due to its broad lytic spectrum against different Salmonella strains. Sequence analysis of its genome (145,964 bp) shows it to be terminally redundant and circularly permuted. Its G+C content, 45.6 mol%, is lower than that of its hosts (50 to 54 mol%). We found a total of 244 open reading frames (ORFs), representing 91.6% of the coding capacity of the genome. Approximately 46% of encoded proteins are unique to this phage, and 22.1% of the proteins could be functionally assigned. This myovirus encodes a large number of tRNAs (n=24), reflecting its lytic capacity and evolution through different hosts. Tandem mass spectrometric analysis using electron spray ionization revealed 25 structural proteins as part of the mature phage particle. The genome sequence was found to share homology with 140 proteins of the Escherichia coli bacteriophage rV5. Both phages are unrelated to any other known virus, which suggests that an "rV5-like virus" genus should be created within the Myoviridae to contain these two phages.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».