Evidence that the <i>Campylobacter fetus sap</i> Locus Is an Ancient Genomic Constituent with Origins before Mammals and Reptiles Diverged
Notice bibliographique
Résumé
Campylobacter fetus bacteria, isolated from both mammals and reptiles, may be either subsp. fetus or subsp. venerealis and either serotype A or serotype B. Surface layer proteins, expressed and secreted by genes in the sap locus, play an important role in C. fetus virulence. To assess whether the sap locus represents a pathogenicity island and to gain further insights into C. fetus evolution, we examined several C. fetus genes in 18 isolates. All of the isolates had 5 to 9 sapA or sapB homologs. One strain (85-387) possessed both sapA and sapB homologs, suggesting a recombinational event in the sap locus between sapA and sapB strains. When we amplified and analyzed nucleotide sequences from portions of housekeeping gene recA (501 bp) and sapD (450 bp), a part of the 6-kb sap invertible element, the phylogenies of the genes were highly parallel. Among the 15 isolates from mammals, serotype A and serotype B strains generally had consistent positions. The fact that the serotype A C. fetus subsp. fetus and subsp. venerealis strains were on the same branch suggests that their differentiation occurred after the type A-type B split. Isolates from mammals and reptiles formed two distinct tight phylogenetic clusters that were well separated. Sequence analysis of 16S rRNA showed that the reptile strains form a distinct phylotype between mammalian C. fetus and Campylobacter hyointestinalis. The phylogenies and sequence results showing that sapD and recA have similar G + C contents and substitution rates suggest that the sap locus is not a pathogenicity island but rather is an ancient constituent of the C. fetus genome, integral to its biology.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».