Comparison of full gyrA, gyrB, parC and parE gene sequences between all Ureaplasma parvum and Ureaplasma urealyticum serovars to separate true fluoroquinolone antibiotic resistance mutations from non-resistance polymorphism
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: To determine the role of amino acid substitutions in Ureaplasma GyrA, GyrB, ParC and ParE proteins in mediating fluoroquinolone resistance. METHODS: Nucleic acid sequences from gyrA, gyrB, parC and parE genes from all 14 Ureaplasma serovars were aligned. Full genome sequences for serovars 1, 3-7, 9 and 11-14 were available from the National Center for Biotechnology Information database and we sequenced the full topoisomerase genes from ciprofloxacin-susceptible reference strains of serovars 2, 8 and 10. Phylogenetic trees were constructed to analyse nucleotide sequence similarity. Deduced amino acid sequences were compared with all 33 previously reported fluoroquinolone-resistant strains to clarify true fluoroquinolone-resistance-associated substitutions. RESULTS: Non-resistance-associated polymorphisms were identified in GyrA (39), GyrB (26), ParC (107) and ParE (34) proteins. Phylogenetic analysis demonstrated species clustering for all genes, except parE in which serovars 4, 12, 10 and 13 formed a separate cluster more similar to Ureaplasma parvum than the remaining Ureaplasma urealyticum serovars. Examination of all previously reported fluoroquinolone-resistant strains found that one-third of identified residue substitutions could be attributed to normal species polymorphism; therefore, the mechanism of resistance for these strains is still undetermined. In particular, Glu or Asp at position 112 in GyrA and Ala or Thr at 125/136 in ParC were substitutions identified when U. urealyticum strain sequences were previously aligned with the published serovar 3 genome sequence. CONCLUSION: Combining analysis of the recently available Ureaplasma genomes with sequences from the additional serovars has enabled us to clarify which substitutions found by previous investigators could potentially be responsible for fluoroquinolone resistance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».