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Enregistrement W2104294761 · doi:10.1101/cshperspect.a002204

Closing the Circle: Replicating RNA with RNA

2010· review· en· W2104294761 sur OpenAlexaff
Lü Cheng, Peter J. Unrau

Notice bibliographique

RevueCold Spring Harbor Perspectives in Biology · 2010
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueRNA and protein synthesis mechanisms
Établissements canadiensSimon Fraser University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyRibozymeRNA world hypothesisRNAComputational biologyGeneticsLigase ribozymeAbiogenesisEvolutionary biologyNon-coding RNAGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

How life emerged on this planet is one of the most important and fundamental questions of science.Although nearly all details concerning our origins have been lost in the depths of time, there is compelling evidence to suggest that the earliest life might have exploited the catalytic and self-recognition properties of RNA to survive.If an RNA based replicating system could be constructed in the laboratory, it would be much easier to understand the challenges associated with the very earliest steps in evolution and provide important insight into the establishment of the complex metabolic systems that now dominate this planet.Recent progress into the selection and characterization of ribozymes that promote nucleotide synthesis and RNA polymerization are discussed and outstanding problems in the field of RNA-mediated RNA replication are summarized.C ell division is a fundamental biological process in which genetic information is duplicated and shared between daughter cells.In extant cellular life, DNA serves as the repository of genetic information, but its replication is complicated by the daunting size and complex structural organization of modern genomes.For this reason, multiple enzymes are required to ensure faithful genomic replication in all higher life forms.Notably, simpler replicating systems such as viruses, have smaller genomes and tend to use correspondingly more errorprone replicative machinery (Kunkel and Bebenek 2000;Gago, Elena et al. 2009).Presumably, if the initial organisms on this planet also had small genomes, then the earliest genomic replication could have been a relatively simple and error-prone process compared with the complex replicative strategies of modern life.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,014

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0010,002
Communication savante0,0020,004
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0020,004
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,009

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,023
Tête enseignante GPT0,310
Écart entre enseignants0,287 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations57
Publié2010
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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