A peptide inhibitor of HIV‐1 neutralizing antibody 2G12 is not a structural mimic of the natural carbohydrate epitope on gp120
Notice bibliographique
Résumé
MAb 2G12 neutralizes HIV‐1 by binding with high affinity to a cluster of high‐mannose oligosac charides on the envelope glycoprotein, gp120. Screening of phage‐displayed peptide libraries with 2G12 identified peptides that bind specifically, with K d s ranging from 0.4 to 200 μM. The crystal structure of a 21‐mer peptide ligand in complex with 2G12 Fab was determined at 2.8 Å resolution. Comparison of this structure with previous structures of 2G12‐carbohydrate complexes revealed striking differences in the mechanism of 2G12 binding to peptide vs . carbohy drate. The peptide occupies a site different from, but adjacent to, the primary carbohydrate‐binding site on 2G12, and makes only slightly fewer contacts to the Fab than Man 9 GlcNAc 2 (51 vs . 56, respectively). However, only two antibody contacts with the peptide are hydro gen bonds in contrast to six with Man 9 GlcNAc 2 , and only three of the antibody residues that interact with Man 9 GlcNAc 2 also contact the peptide. Thus, this mechanism of peptide binding to 2G12 does not sup port structural mimicry of the native carbohydrate epitope on gp120, since it neither replicates the oligo saccharide footprint on the antibody nor most of the contact residues. Moreover, 2G12.1 peptide is not an immunogenic mimic of the 2G12 epitope, since anti sera produced against it did not bind gp120.—Menendez, A., Calarese, D. A., Stanfield, R. L., Chow, K. C., Scanlan, C. N., Kunert, R., Katinger, H., Burton, D. R., Wilson, I. A., Scott, J. K. A peptide inhibitor of HIV‐1 neutralizing antibody 2G12 is not a structural mimic of the natural carbohydrate epitope on gp120. FASEB J . 22, 1380–1392 (2008)
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».