Quantitative NMR spectroscopy of supramolecular complexes: Dynamic side pores in ClpP are important for product release
Notice bibliographique
Résumé
The highly conserved, 300-kDa cylindrical protease ClpP is an important component of the cellular protein quality machinery. It consists of 14 subunits arranged into two heptameric rings that enclose a large chamber containing the protease active sites. ClpP associates with ClpX and ClpA ATPases that unfold and translocate substrates into the protease catalytic chamber through axial pores located at both ends of the ClpP cylinder. Although the pathway of substrate delivery is well established, the pathway of product release is unknown. Here, we use recently developed transverse relaxation optimized spectroscopy (TROSY) of methyl groups to show that the interface between the heptameric rings exchanges between two structurally distinct conformations. The conformational exchange process has been quantified by magnetization exchange and methyl TROSY relaxation dispersion experiments recorded between 0.5 degrees C and 40 degrees C, so that the thermodynamic properties for the transition could be obtained. Restriction of the observed motional freedom in ClpP through the introduction of a cysteine linkage results in a protease where substrate release becomes significantly slowed relative to the rate observed in the reduced enzyme, suggesting that the observed motions lead to the formation of transient side pores that may play an important role in product release.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».