Structural and Evolutionary Basis for the Dual Substrate Selectivity of Human KDM4 Histone Demethylase Family
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
N(ε)-Methylations of histone lysine residues play critical roles in cell biology by "marking" chromatin for transcriptional activation or repression. Lysine demethylases reverse N(ε)-methylation in a sequence- and methylation-selective manner. The determinants of sequence selectivity for histone demethylases have been unclear. The human JMJD2 (KDM4) H3K9 and H3K36 demethylases can be divided into members that act on both H3K9 and H3K36 and H3K9 alone. Kinetic, crystallographic, and mutagenetic studies in vitro and in cells on KDM4A-E reveal that selectivity is determined by multiple interactions within the catalytic domain but outside the active site. Structurally informed phylogenetic analyses reveal that KDM4A-C orthologues exist in all genome-sequenced vertebrates with earlier animals containing only a single KDM4 enzyme. KDM4D orthologues only exist in eutherians (placental mammals) where they are conserved, including proposed substrate sequence-determining residues. The results will be useful for the identification of inhibitors for specific histone demethylases.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle