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Enregistrement W2105786909 · doi:10.1038/ncomms6751

A genome-wide association study of marginal zone lymphoma shows association to the HLA region

2015· article· en· W2105786909 sur OpenAlexafffund
Joseph Vijai, Zhaoming Wang, Sonja I. Berndt, Christine F. Skibola, Susan L. Slager, Sílvia de Sanjosé, Mads Melbye, Bengt Glimelius, Paige M. Bracci, Lucía Conde, Brenda M. Birmann, Sophia Wang, Angela Brooks‐Wilson, Qing Lan, Paul I. W. de Bakker, Roel Vermeulen, Carol S. Portlock, Stephen M. Ansell, Brian K. Link, Jacques Riby, Kari E. North, Jian Gu, Henrik Hjalgrim, Wendy Cozen, Nikolaus Becker, Lauren R. Teras, John J. Spinelli, Jennifer Turner, Yawei Zhang, Mark P. Purdue, Graham G. Giles, Rachel S. Kelly, Anne Zeleniuch‐Jacquotte, Maria Grazia Ennas, Alain Monnereau, Kimberly A. Bertrand, Demetrius Albanes, Tracy Lightfoot, Meredith Yeager, Charles C. Chung, Laurie Burdett, Amy Hutchinson, Charles Lawrence, Rebecca Montalvan, Liming Liang, Jinyan Huang, Baoshan Ma, Danylo Villano, Ann Maria, Marina Corines, Tinu Thomas, Anne J. Novak, Ahmet Doǧan, Mark Liebow, Carrie A. Thompson, Thomas E. Witzig, Thomas M. Habermann, George J. Weiner, Martyn T. Smith, Elizabeth A. Holly, Rebecca D. Jackson, Lesley F. Tinker, Yuanqing Ye, Hans‐Olov Adami, Karin E. Smedby, Anneclaire J. De Roos, Patricia Hartge, Lindsay M. Morton, Richard K. Severson, Yolanda Benavente, Paolo Boffetta, Paul Brennan, Lenka Foretová, Marc Maynadié, James McKay, Anthony Staines, W. Ryan Diver, Claire M. Vajdic, Bruce K. Armstrong, Anne Kricker, Tongzhang Zheng, Theodore R. Holford, Gianluca Severi, Paolo Vineis, Giovanni Maria Ferri, R Ricco, Lucia Miligi, Jacqueline Clavel, Edward Giovannucci, Peter Kraft, Jarmo Virtamo, Alex Smith, Eleanor Kane, Eve Roman, Brian C.‐H. Chiu, Joseph F. Fraumeni, Xifeng Wu, James R. Cerhan, Kenneth Offit, Stephen J. Chanock, Nathaniel Rothman, Alexandra Nieters

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueLymphoma Diagnosis and Treatment
Établissements canadiensBC Cancer Agency
Organismes subventionnairesNational Center for Advancing Translational SciencesNational Center for Chronic Disease Prevention and Health PromotionNational Institute of Environmental Health SciencesNational Heart, Lung, and Blood InstituteKarolinska InstitutetYale UniversityBC Cancer AgencyCancer Council NSWMedical Research CouncilInstitut National Du CancerUniversity of Texas MD Anderson Cancer CenterCenters for Disease Control and PreventionNational Institutes of HealthHealth Research BoardH. Lundbeck A/SDansk Kræftforsknings FondAgence Nationale de Sécurité Sanitaire de l’Alimentation, de l’Environnement et du TravailNational Health and Medical Research CouncilJosé Carreras Leukämie-StiftungUniversity of PittsburghStockholms Läns LandstingCanadian Institutes of Health ResearchBundesamt für StrahlenschutzMedStar Health Research InstituteCancerfondenWorld Health OrganizationUniversity of Southern CaliforniaDivision of Cancer Prevention, National Cancer InstituteUniversity of SydneyU.S. Department of Health and Human ServicesUniversity of California, San FranciscoMichael Smith Health Research BCFondation de FranceGeneralitat de CatalunyaBundesministerium für Bildung und ForschungNational Institute on AgingUniversity at BuffaloEuropean CommissionCompagnia di San PaoloU.S. Public Health ServiceAssociazione Italiana per la Ricerca sul CancroNational Cancer InstituteLundbeckfondenState of Connecticut Department of Public HealthAmerican Cancer SocietyOhio State UniversityWake Forest UniversityNational Human Genome Research InstituteCancer Council VictoriaBrigham and Women's HospitalFondation ARC pour la Recherche sur le CancerMemorial Sloan-Kettering Cancer Center
Mots-clésGenome-wide association studyLymphomaHuman leukocyte antigenGenetic associationBiologyMarginal zoneMarginal zone B-cell lymphomaGeneticsImmunologyB cellGenotypeGeneSingle-nucleotide polymorphismAntigen

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Marginal zone lymphoma (MZL) is the third most common subtype of B-cell non-Hodgkin lymphoma. Here we perform a two-stage GWAS of 1,281 MZL cases and 7,127 controls of European ancestry and identify two independent loci near BTNL2 (rs9461741, P=3.95 × 10(-15)) and HLA-B (rs2922994, P=2.43 × 10(-9)) in the HLA region significantly associated with MZL risk. This is the first evidence that genetic variation in the major histocompatibility complex influences MZL susceptibility.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,010

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,036
Tête enseignante GPT0,310
Écart entre enseignants0,273 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations68
Publié2015
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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