Unveiling cryptic species of the bumblebee subgenus<i>Bombus s. str.</i>worldwide with COI barcodes (Hymenoptera: Apidae)
Notice bibliographique
Résumé
Bumblebees of the subgenus Bombus s. str. dominate (or used to dominate) many north temperate pollinator assemblages \nand include most of the commercial bumblebee pollinator species. Several species are now in serious decline, so \nconservationists need to know precisely which ones are involved. The problem is that many Bombus s. str. species are \ncryptic, so that species identification from morphology may be impossible for some individuals and is frequently misleading \naccording to recent molecular studies. This is the first review of the entire subgenus to: (1) avoid fixed a priori assumptions \nconcerning the limits of the problematic species; and (2) sample multiple sites from across the entire geographic ranges of \nall of the principal named taxa worldwide; and (3) fit an explicit model for how characters change within an evolutionary \nframework; and (4) apply explicit and consistent criteria within this evolutionary framework for recognising species. We \nanalyse easily-obtained DNA (COI-barcode) data for 559 sequences from 279 localities in 33 countries using general mixed \nYule-coalescent (GMYC) models, assuming only the morphologically distinctive species B. affinis Cresson, B. franklini \n(Frison), B. ignitus Smith and B. tunicatus Smith, and then recognise other comparable COI-barcode groups as putative \nspecies. These species correspond to modified concepts of the taxa B. cryptarum (Fabricius), B. hypocrita P´erez, B. \njacobsoni Skorikov, B. lantschouensis Vogt n. stat., B. longipennis Friese, B. lucorum (Linnaeus), B. magnus Vogt, B. \nminshanensis Bischoff n. stat., B. occidentalis Greene, B. patagiatus Nylander, B. sporadicus Nylander, B. terrestris \n(Linnaeus) and B. terricola Kirby (a total of 17 species). Seven lectotypes are designated. Our results allow us for the first \ntime to diagnose all of the putative species throughout their global ranges and to map the extent of these geographic ranges.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».