Study of B72.3 combining sites by molecular modeling and site-directed mutagenesis
Notice bibliographique
Résumé
A B72.3 Fab/sTn(2) complex was modeled from the known structure of B72.3 Fab and the dimeric Tn-serine cluster (sTn(2)). In the complex model, the side chains of 15 heavy- and light-chain complementarity-determining region (CDR) residues and the main chains of two light-chain CDR residues contact the sTn(2) epitope. Among 15 CDR residues which contact sTn(2) in the model, two heavy-chain residues (Ser95 and Tyr97) and light-chain CDR residue (Tyr96) have been confirmed in a previous study. To test the accuracy of the computational model, further site-directed mutagenesis was performed by alanine scanning on the remaining 12 residues that are predicted in the model to have side-chain interactions with sTn(2). Of these 12 mutants, eight that are all from the heavy-chain (His32Ala, Ala33Leu, Tyr50Ala, Ser52Ala, Asn52Ala, Asp56Ala, Lys58Ala and Tyr96Ala) had significantly reduced sTn(2) affinities, and four consisting of three light-chain mutations (Asn32Ala, Trp92Ala and Thr94Ala) and one heavy-chain mutation (His35Ala) retained wild-type sTn(2) affinity. On the whole, this evidence suggests that the complex model, although not perfect, is correct in many of its features. In a more general vein, these results lend credibility to the computational modeling approach for the study of the molecular basis of antigen-antibody complexes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».