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Enregistrement W2106702382 · doi:10.1194/jlr.m023218

Conformational changes of apoB-100 in SMase-modified LDL mediate formation of large aggregates at acidic pH

2012· article· en· W2106702382 sur OpenAlexaff
Mia Sneck, Su Duy Nguyen, Tero Pihlajamaa, Gebrenegus Yohannes, Marja‐Liisa Riekkola, Ross W. Milne, Petri T. Kovanen, Katariina Öörni

Notice bibliographique

RevueJournal of Lipid Research · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAdipokines, Inflammation, and Metabolic Diseases
Établissements canadiensUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesJenny ja Antti Wihurin Rahasto
Mots-clésChemistrySphingomyelinApolipoprotein BBiophysicsExtracellularCholesterolBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

During atherogenesis, the extracellular pH of atherosclerotic lesions decreases. Here, we examined the effect of low, but physiologically plausible pH on aggregation of modified LDL, one of the key processes in atherogenesis. LDL was treated with SMase, and aggregation of the SMase-treated LDL was followed at pH 5.5-7.5. The lower the pH, the more extensive was the aggregation of identically prelipolyzed LDL particles. At pH 5.5-6.0, the aggregates were much larger (size >1 µm) than those formed at neutral pH (100-200 nm). SMase treatment was found to lead to a dramatic decrease in α-helix and concomitant increase in β-sheet structures of apoB-100. Particle aggregation was caused by interactions between newly exposed segments of apoB-100. LDL-derived lipid microemulsions lacking apoB-100 failed to form large aggregates. SMase-induced LDL aggregation could be blocked by lowering the incubation temperature to 15°C, which also inhibited the changes in the conformation of apoB-100, by proteolytic degradation of apoB-100 after SMase-treatment, and by HDL particles. Taken together, sphingomyelin hydrolysis induces exposure of protease-sensitive sites of apoB-100, whose interactions govern subsequent particle aggregation. The supersized LDL aggregates may contribute to the retention of LDL lipids in acidic areas of atherosclerosis-susceptible sites in the arterial intima.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,004
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,142
Score d'incertitude au seuil0,347

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0040,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,078
Tête enseignante GPT0,382
Écart entre enseignants0,304 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations55
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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