First Report of <i>Tomato chlorotic dwarf viroid</i> in <i>Petunia hybrida</i> from the United States of America
Notice bibliographique
Résumé
In November 2005, 13 accessions of Petunia hybrida from the United States of America entered the post-entry quarantine station of the Plant Protection Service in the Netherlands. The plants were inspected and tested for quarantine organisms according to Directives 95/44 and 97/46 of the European Union. No virus and viroid symptoms were observed in the imported plants or in mechanically inoculated plants of Chenopodium quinoa, Nicotiana benthamiana, and N. occidentalis-P1 (3). Testing for pospiviroids by return-polyacrylamide gel electrophoresis (1) and reverse transcriptase-PCR with universal pospiviroid primers Pospi1-RE/FW (2) indicated the presence of pospiviroids in 3 and 11 P. hybrida accessions, respectively. The 196-bp amplicons of six accessions were sequenced. Sequence analysis showed the highest identity for all amplicons to both isolates of Tomato chlorotic dwarf viroid (TCDVd) in NCBI GenBank, Accession Nos. AF162131and AY372399, from Canada and the United States, respectively. Additional RT-PCRs with the Pospi1-RE/FW primers in opposite order and the semi-universal pospiviroid primers Vid-RE/FW (2) for one isolate, followed by sequence analysis, confirmed the identity as TCDVd. The isolate consisted of 359 nucleotides (GenBank Accession No. DQ859013) and showed sequence identities of 98.6 and 96.1% to the Canadian and American tomato isolates of this viroid, respectively. The next highest sequence identity was 90.0% to two accessions of Potato spindle tuber viroid (GenBank Accession Nos. AJ593449 and AY962324). On the basis of these results, the viroid from P. hybrida was identified as TCDVd. To our knowledge, this is the first report of TCDVd in this plant species. Reference: (1) J. W. Roenhorst et al. EPPO Bull. 30:453, 2000. (2) J. Th. J. Verhoeven et al. Eur. J. Plant Pathol. 110:823, 2004. (3) J. Th. J. Verhoeven and J. W. Roenhorst. EPPO Bull. 33:305, 2003.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».