Use of the <i>espZ</i> Gene Encoded in the Locus of Enterocyte Effacement for Molecular Typing of Shiga Toxin-Producing <i>Escherichia coli</i>
Notice bibliographique
Résumé
Infections with Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) result in frequent cases of sporadic and outbreak-associated enteric bacterial disease in humans. Classification of STEC is by stx genotype (encoding the Shiga toxins), O and H antigen serotype, and seropathotype (subgroupings based upon the clinical relevance and virulence-related genotypes of individual serotypes). The espZ gene is encoded in the locus of enterocyte effacement (LEE) pathogenicity island responsible for the attaching and effacing (A/E) lesions caused by various E. coli pathogens (but not limited to STEC), and this individual gene ( approximately 300 bp) has previously been identified as hypervariable among these A/E pathogens. Sequence analysis of the espZ locus encoded by additional STEC serotypes and strains (including O26:H11, O121:H19, O111:NM, O145:NM, O165:H25, O121:NM, O157:NM, O157:H7, and O5:NM) indicated that distinct sequence variants exist which correlate to subgroups among these serotypes. Allelic discrimination at the espZ locus was achieved using Light Upon eXtension real-time PCR and by liquid microsphere suspension arrays. The allele subtype of espZ did not correlate with STEC seropathotype classification; however, a correlation with the allele type of the LEE-encoded intimin (eae) gene was supported, and these sequence variations were conserved among individual serotypes. The study focused on the characterization of three clinically significant seropathotypes of LEE-positive STEC, and we have used the observed genetic variation at a pathogen-specific locus for detection and subtyping of STEC.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».