In Vitro Characterization of the Interaction between HIV-1 Gag and Human Lysyl-tRNA Synthetase
Notice bibliographique
Résumé
Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) viral assembly is mediated by multiple protein-protein and protein-nucleic acid interactions. Human tRNA(Lys3) is used as the primer for HIV reverse transcription, and HIV Gag and GagPol are required for packaging of the tRNA into virions. Human lysyl-tRNA synthetase (LysRS) is also specifically packaged into HIV, suggesting a role for LysRS in tRNA packaging. Gag alone is sufficient for packaging of LysRS, and these two proteins have been shown to interact in vitro using glutathione S-transferase pull-down assays. In vitro pull-down assays using truncated constructs have also revealed that residues important for homodimerization of Gag and LysRS are critical for the Gag/LysRS interaction. In this work, we report further in vitro characterization of the interaction between HIV Gag and human LysRS using affinity pull-down assays, fluorescence anisotropy measurements and gel chromatography. An equilibrium binding constant of 310 +/- 80 nM was measured for the Gag/LysRS interaction. We also show that capsid alone binds to LysRS with a similar affinity as full-length Gag. Point mutations that disrupt the homodimerization of LysRS and Gag in vitro do not affect their interaction. These results suggest that dimerization of each protein per se is not required for the interaction but that residues involved in forming the homodimer interfaces contribute to heterodimer formation. Gel chromatography studies further support the formation of a Gag/LysRS heterodimer.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».