Feasibility and Recommendations for Swift Fox Fecal DNA Profiling
Notice bibliographique
Résumé
Abstract: Genetic profiling using fecal samples collected noninvasively in the wild can provide managers with an alternative to live‐trapping. However, before embarking on a large‐scale survey, feasibility of this methodology should be assessed for the focal species. Costs associated with fecal genotyping can be high because of the need for multiple amplifications to prevent and detect errors. Assessing the relative amount of target DNA before genotyping means samples can be eliminated where error rates will be high or amplification success will be low, thereby reducing costs. We collected fecal samples from an endangered population of swift fox ( Vulpes velox ) and employed target‐DNA quantification and a screening protocol to assess sample quality before genetic profiling. Quantification was critical in identifying samples of low quality (68%, <0.2 ng/μL). Comparison of the amplification, from a subset of loci in 25 samples that did not meet the screening criteria, confirmed the effectiveness of this method. The protocol, however, used a considerable amount of DNA, and an assessment of the locus and sample variability allowed us to refine it for future population surveys. Although we did not use <50% of the samples we collected, the remaining samples provided 36 unique genotypes, which corresponded to approximately 70% of animals estimated to be present in the study area. Although obtaining fecal DNA from small carnivores is challenging, our protocol, including the quantification and qualification of DNA, the selection of markers, and the use of postgenotyping analyses, such as DROPOUT, CAPWIRE, and geographic information, provides a more cost‐effective way to produce reliable results. The method we have developed is an informative approach that wildlife managers can use to conduct population surveys where the collection of feces is possible without the need for live‐trapping.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,070 | 0,091 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,004 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,009 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,015 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,017 | 0,012 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».