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Enregistrement W2109715726 · doi:10.1038/nbt.1682

Comparison of sequencing-based methods to profile DNA methylation and identification of monoallelic epigenetic modifications

2010· article· en· W2109715726 sur OpenAlexafffund
R. Alan Harris, Ting Wang, Cristian Coarfa, Raman P. Nagarajan, Chibo Hong, Sara L. Downey, Brett Johnson, Shaun D. Fouse, Allen Delaney, Yongjun Zhao, Adam B. Olshen, Tracy Ballinger, Xin Zhou, Kevin J. Forsberg, Junchen Gu, Lorigail Echipare, Henriette O’Geen, Ryan Lister, Mattia Pelizzola, Yuanxin Xi, B Bernstein, R. David Hawkins, Bing Ren, Wen‐Yu Chung, Hongcang Gu, Christoph Bock, Andreas Gnirke, Michael Q. Zhang, David Haussler, Joseph R. Ecker, Wei Li, Peggy Farnham, Robert A. Waterland, Alexander Meissner, Marco A. Marra, Martin Hirst, Aleksandar Milosavljevic, J Costello

Notice bibliographique

RevueNature Biotechnology · 2010
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEpigenetics and DNA Methylation
Établissements canadiensBC Cancer Agency
Organismes subventionnairesNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Institutes of HealthNational Cancer InstituteNational Institute of General Medical SciencesNational Institute on Drug AbuseNational Institute of Environmental Health SciencesUniversity of Waterloo
Mots-clésMethylated DNA immunoprecipitationBisulfite sequencingIllumina Methylation AssayDNA methylationBiologyEpigeneticsCpG siteGenomic imprintingGeneticsComputational biologyDNA sequencingDifferentially methylated regionsDeep sequencingGenomeGeneGene expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex
Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,009
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,011
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,009
Score d'incertitude au seuil0,046

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0090,011
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0030,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,369
Écart entre enseignants0,350 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations739
Publié2010
Routes d'admission2
Résumé présentnon

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