Metagenomic Analysis of Uterine Microbiota in Postpartum Normal and Endometritic Water Buffaloes (Bubalus bubalis)
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Notice bibliographique
Résumé
In Indian subcontinent the water buffalo (Bubalus bubalis) is one of the important livestock animals. As in cows, postpartum infection like endometritis in dairy buffaloes is major cause for the economic loss in the dairy industries. Till date, there is no study regarding metagenomic analysis of bacterial population of postpartum endometritic buffaloes. The purpose of this study was to identify and compare the uterine bacterial composition in normal and endometritic postpartum buffaloes using 16S rDNA cloning, which was a type of culture-independent methods. A total of 151 cloned plasmids for 16S rDNA from both normal and endometritic uterine samples were sequenced. Cloning library of 16S rDNA revealed clear cut difference between bacterial populations of normal and endometritic postpartum buffaloes. Cloned sequences were assigned to five major groups and one uncultured group. The five major groups include- Bacteroidetes, Firmicutes, Fusobacteria, Proteobacteria, and Tenericutes. Major cloned sequences from normal status endometrium were affiliated to phylum Proteobacteria, and most of the sequences showed high degree of similarity with bacteria Haemophilus felis. Most of the sequences from cloned library of endometritic status samples were affiliated to phylum Proteobacteria and Tenericutes. The most prevalent bacteria found in endometritic samples were Psychrobacter sp. PRwf-1, Psychrobacter pulmonis, Ureaplasma diversum strain T95 and Ureaplasma diversum strain A417. A major number of cloned sequences from both normal and endometritic samples were assigned to uncultured group. The present data showed bacterial population of postpartum normal and endometritic buffaloes and also described the presence of various types microbiota in uterine samples.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle