Transcriptional Control of Murine <i>CD94</i> Gene: Differential Usage of Dual Promoters by Lymphoid Cell Types
Notice bibliographique
Résumé
The CD94 gene product is involved in controlling NK cell activation, and is one of a family of immune receptors that is found in the NK gene complex in both humans and mice, adjacent to members of the NKG2 family. CD94 forms a heterodimeric complex with several members of the NKG2 family on the surface of NK, T, and NKT cells. These complexes recognize the nonclassical MHC class I molecules HLA-E and Qa-1(b) in humans and mice, respectively. The mechanism for cell type-specific expression of CD94 and other genes from the NK gene complex has not yet been elucidated. In the current study, we show that the murine CD94 gene has two promoters, one of which is upstream of a previously unidentified exon. We illustrate by quantitative real-time PCR that lymphoid cell types use these two promoters differentially and that the promoter usage seen in adult cells is already established during fetal development. We determined that the differential promoter usage by NK cells appears to be susceptible to perturbation, as both the murine NK cell line LNK, as well as cultured C57BL/6 NK cells showed altered promoter usage relative to fresh NK cells. Furthermore, the promoter activity observed in transfection assays did not correlate with expression of the endogenous CD94 gene, suggesting the involvement of chromatin structure/methylation in transcriptional regulation. Our detection of DNase I hypersensitive sites at the CD94 locus that are present only in a cell line expressing endogenous CD94 supports this hypothesis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».