An Experimentally Tested Scenario for the Structural Evolution of Eukaryotic Cys2His2 Zinc Fingers from Eubacterial Ros Homologs
Notice bibliographique
Résumé
The exact evolutionary origin of the zinc finger (ZF) domain is unknown, as it is still not clear from which organisms it was first derived. However, the unique features of the ZF domains have made it very easy for evolution to tinker with them in a number of different manners, including their combination, variation of their number by unequal crossing-over or tandem duplication and tuning of their affinity for specific DNA sequence motifs through point substitutions. Classical Cys2His2 ZF domains as structurally autonomous motifs arranged in multiple copies are known only in eukaryotes. Nonetheless, a single prokaryotic Cys2His2 ZF domain has been identified in the transcriptional regulator Ros from Agrobacterium tumefaciens and recently characterized. The present work focuses on the evolution of the classical ZF domains with the goal of trying to determine whether eukaryotic ZFs have evolved from the prokaryotic Ros-like proteins. Our results, based on computational and experimental data, indicate that a single insertion of three amino acids in the short loop that separates the β-sheet from the α-helix of the Ros protein is sufficient to induce a structural transition from a Ros like to an eukaryotic-ZF like structure. This observation provides evidence for a structurally plausible and parsimonious scenario of fold evolution, giving a structural basis to the hypothesis of a horizontal gene transfer (HGT) from bacteria to eukaryotes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».