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Enregistrement W2112058351 · doi:10.1093/jhered/est091

Mapping Genes to Chicken Microchromosome 16 and Discovery of Olfactory and Scavenger Receptor Genes Near the Major Histocompatibility Complex

2013· article· en· W2112058351 sur OpenAlexfundno aff
Marcia M. Miller, Charmaine M. Robinson, Jason Abernathy, Ronald M. Goto, Melissa K. Hamilton, Huaijun Zhou, Mary E. Delany

Notice bibliographique

RevueJournal of Heredity · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
Thématiqueinterferon and immune responses
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesOffice of Energy Research and DevelopmentAcademy of Finland
Mots-clésMicrochromosomeBiologyGeneticsGeneMajor histocompatibility complexChromosomeKaryotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Trisomy mapping is a powerful method for assigning genes to chicken microchromosome 16 (GGA 16). The single chicken nucleolar organizer region (NOR), the 2 major histocompatibility complex regions (MHC-Y and MHC-B), and CD1 genes were all previously assigned to GGA 16 using trisomy mapping. Here, we combined array comparative genomic hybridization with trisomy mapping to screen unassigned genomic scaffolds (consigned temporarily to chrUn_random) for sequences originating from GGA 16. A number of scaffolds mapped to GGA 16. Among these were scaffolds that contain genes for olfactory (OR) and cysteine-rich domain scavenger (SRCR) receptors, along with a number of genes that encode putative immunoglobulin-like receptors and other molecules. We used high-resolution cytogenomic analyses to confirm assignment of OR and SRCR genes to GGA 16 and to pinpoint members of these gene families to the q-arm in partially overlapping regions between the centromere and the NOR. Southern blots revealed sequence polymorphism within the OR/SRCR region and linkage with the MHC-Y region, thereby providing evidence for conserved linkage between OR genes and the MHC within birds. This work localizes OR genes to the vicinity of the chicken MHC and assigns additional genes, including immune defense genes, to GGA 16.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,693
Score d'incertitude au seuil0,684

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,244
Écart entre enseignants0,216 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations22
Publié2013
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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