A Doubly Fluorescent HIV-1 Reporter Shows that the Majority of Integrated HIV-1 Is Latent Shortly after Infection
Notice bibliographique
Résumé
HIV-1 latency poses a major barrier to viral eradication. Canonically, latency is thought to arise from progressive epigenetic silencing of active infections. However, little is known about when and how long terminal repeat (LTR)-silent infections arise since the majority of the current latency models cannot differentiate between initial (LTR-silent) and secondary (progressive silencing) latency. In this study, we constructed and characterized a novel, double-labeled HIV-1 vector (Red-Green-HIV-1 [RGH]) that allows for detection of infected cells independently of LTR activity. Infection of Jurkat T cells and other cell lines with RGH suggests that the majority of integrated proviruses were LTR-silent early postinfection. Furthermore, the LTR-silent infections were transcriptionally competent, as the proviruses could be reactivated by a variety of T cell signaling agonists. Moreover, we used the double-labeled vector system to compare LTRs from seven different subtypes with respect to LTR silencing and reactivation. These experiments indicated that subtype D and F LTRs were more sensitive to silencing, whereas the subtype AE LTR was largely insensitive. Lastly, infection of activated human primary CD4(+) T cells yielded LTR-silent as well as productive infections. Taken together, our data, generated using the newly developed RGH vector as a sensitive tool to analyze HIV-1 latency on a single-cell level, show that the majority of HIV-1 infections are latent early postinfection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».