Impact of ploidy level on the distribution of Pokey element insertions in the Daphnia pulex complex
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Transposable elements (TEs) play a major role in genome evolution. Their capacity to move and/or multiply in the genome of their host may have profound impacts on phenotypes and dramatic consequences on genome structure. The population dynamics and distribution of TEs are influenced by their mode of transposition, the availability of niches in host genomes, and host population dynamics. Theories predict an increase in the number of TE insertions following hybridization or polyploidization. Evolution of TEs in hybrids and polyploids has mostly been studied in plants; few studies have examined the impacts of hybridization and/or polyploidization on TEs in animals. Hybrids and polyploids have arisen multiple times in the Daphnia pulex complex and are thought to reproduce by obligate parthenogenesis. Our study examines the effects of ploidy level on polymorphism and number of Pokey element insertions in diploid and polyploid hybrid isolates from the Daphnia pulex complex. RESULTS: The polymorphism of Pokey insertion sites did not depend solely on either the ploidy level or the genetic background of their host; therefore, it may be the result of interactions between these parameters and other parameters such as Pokey activity, selection and/or drift. No significant effect of ploidy level was found on the number of Pokey insertions using TE display and qPCR. However, the load of Pokey insertion sites and the number of unique insertion sites were slightly (but not significantly) higher in polyploids than in diploids. CONCLUSIONS: These results suggest a lack of increase in the number of Pokey insertions following polyploidization but higher availability of Pokey insertion sites in polyploids than in diploids. Compared to previous TE display and qPCR results, the load of Pokey insertions in hybrid diploids was higher than in non-hybrid sexual and asexual diploids, which suggests an increase in the density of Pokey insertions following hybridization.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».