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Enregistrement W2113536669 · doi:10.1093/molbev/msq058

Birth-and-Death Long-Term Evolution Promotes Histone H2B Variant Diversification in the Male Germinal Cell Line

2010· article· en· W2113536669 sur OpenAlexafffund
Rodrigo González‐Romero, Ciro Rivera-Casas, Juan Ausió, Josefina Méndez, José M. Eirín‐López

Notice bibliographique

RevueMolecular Biology and Evolution · 2010
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Chromatin Dynamics
Établissements canadiensUniversity of Victoria
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaUniversidade da CoruñaUniversity of Houston
Mots-clésBiologyNeofunctionalizationHistoneSubfunctionalizationChromatinEvolutionary biologyHistone H2BGeneticsHistone H1Lineage (genetic)Histone H2AGene duplicationEpigeneticsHistone H4Histone codeGeneGenomeNucleosomeGene family

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The rich diversity within each of the five histone families (H1, H2A, H2B, H3, and H4) can hardly be reconciled with the notion of homogenizing evolution. The prevalence of birth-and-death long-term evolution over concerted evolution has already been demonstrated in the linker histone H1 family as well as for the H2A, H3, and H4 core histone families. However, information about histone H2B is lacking. In the present work, we have analyzed the diversity of the members of this histone family across different eukaryotic genomes and have characterized the mechanisms involved in their long-term evolution. Our results reveal that, quite in contrast with other histones, H2B variants are subject to a very rapid process of diversification that primarily affects the male germinal cell lineage and involves their functional specialization probably as a consequence of neofunctionalization and subfunctionalization events after gene duplication. The overall parallelism observed between the molecular phylogenies and the relationships among the electrostatic potentials of the different variants suggests that the latter may have played a major structural selective constraint during H2B evolution. It thus seems that the reorganization of chromatin structure during spermiogenesis might have affected the evolutionary constraints driving histone H2B evolution, leading to an increase in diversity.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,877
Score d'incertitude au seuil0,473

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,235
Écart entre enseignants0,231 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations22
Publié2010
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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