Phylogenetic position of a Pacific Northwest North American endemic cyanolichen, <b><i>Nephroma occultum</i></b> (Ascomycota, <b><i>Peltigerales</i></b>)
Notice bibliographique
Résumé
Nephroma occultum is a COSEWIC listed cyanolichen of “Special Concern”. It is endemic to old-growth cedar-hemlock forests in western North America. This is the first study to place N. occultum into a phylogenetic framework using nucleotide sequence and secondary structure data. It also addresses the phylogenetic relationship between N. occultum and N. arcticum. Analysis of fungal Internal Transcribed Spacer (ITS) ribosomal DNA (rDNA) produced four major clades. The cyanobacterial transfer RNALeu intron (tRNALeu) from N. occultum was separated from that of N. isidiosum and fell between the Eurasian and North American epiphytic taxa. Examination of length and complexity of the folded secondary structures revealed different trends in the ITS1 and ITS2 rRNA regions. Even though N. occultum is endemic to North America, it seems more closely related to South American temperate rainforest species than to the sympatric N. arcticum. Nephroma occultum is alone among the studied species of Peltigerales in having an exceptionally long ITS1 region, and a different tRNALeu intron DNA sequence of the photobiont suggesting association with a unique genotype of Nostoc. It may be argued that the fitness of N. occultum may be influenced by the complex ITS1 RNA structure, a unique photobiont genotype undergoing a genetic bottleneck, no sexual reproduction to generate variation, and the inability to associate with different photobionts to adapt to changing habitats.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».