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Enregistrement W2115170904 · doi:10.1128/genomea.00053-13

Draft Genome Sequence of Methylomicrobium buryatense Strain 5G, a Haloalkaline-Tolerant Methanotrophic Bacterium

2013· article· en· W2115170904 sur OpenAlexafffund
Valentina N. Khmelenina, David A. C. Beck, Christine Munk, Karen W. Davenport, Hajnalka Daligault, Tracy Erkkila, Lynne Goodwin, Wei Gu, Chien‐Chi Lo, Matthew Scholz, Hazuki Teshima, Yan Xu, Patrick Chain, Françoise Bringel, Stéphane Vuilleumier, Alan A. DiSpirito, Peter F. Dunfield, Mike S. M. Jetten, Martin G. Klotz, Claudia Knief, J. Colin Murrell, Huub J. M. Op den Camp, Yasuyoshi Sakai, Jeremy D. Semrau, Mette M. Svenning, Lisa Y. Stein, Yuri A. Trotsenko, Marina Kalyuzhnaya

Notice bibliographique

RevueGenome Announcements · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMicrobial metabolism and enzyme function
Établissements canadiensUniversity of AlbertaUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaJoint Genome InstituteU.S. Department of EnergyOffice of ScienceRussian Foundation for Basic ResearchNational Science Foundation
Mots-clésStrain (injury)Whole genome sequencingBiologyGenomeGeneBacteriaMetabolic engineeringGeneticsComputational biologyBiotechnology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Robust growth of the gammaproteobacterium Methylomicrobium buryatense strain 5G on methane makes it an attractive system for CH4-based biocatalysis. Here we present a draft genome sequence of the strain that will provide a valuable framework for metabolic engineering of the core pathways for the production of valuable chemicals from methane.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,010
Score d'incertitude au seuil0,021

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,003
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,003

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,233
Écart entre enseignants0,216 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations47
Publié2013
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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