High-Resolution Genetic Fingerprinting of European Strains of <i>Anaplasma phagocytophilum</i> by Use of Multilocus Variable-Number Tandem-Repeat Analysis
Notice bibliographique
Résumé
Anaplasma phagocytophilum is a widely distributed tick-borne pathogen of humans, livestock, and companion animals. We used in silico methods to identify 10 variable-number tandem-repeat (VNTR) loci within the genome sequence of the A. phagocytophilum HZ strain and used these data to develop a multilocus VNTR-based typing scheme for the species. Having confirmed the stability of four of the loci in replicates of the A. phagocytophilum strain that had been subjected to different numbers of passages through cell cocultures in vitro, we then used this typing scheme to discriminate between 20 A. phagocytophilum strains of diverse geographical and host provenances. Extensive diversity was found at each of the four loci studied, with total allele numbers ranging from 13 to 18 and Hunter-Gaston discriminatory index values ranging from 0.93 to 0.99. Only 2 of the 20 strains examined shared alleles at all four loci. The discriminatory power of VNTR analysis was found to be greater than that of either partial msp4 or 16S rRNA gene sequence comparison. The extremely high sensitivity of this novel approach to the genetic fingerprinting of A. phagocytophilum strains should serve well in molecular epidemiological studies of infection transmission, particularly when fine-scale strain delineation is required.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».