Structure-function analysis of yeast RNA debranching enzyme (Dbr1), a manganese-dependent phosphodiesterase
Notice bibliographique
Résumé
Saccharomyces cerevisiae Dbr1 is a 405-amino acid RNA debranching enzyme that cleaves the 2'-5' phosphodiester bonds of the lariat introns formed during pre-mRNA splicing. Debranching appears to be a rate-limiting step for the turnover of intronic RNA, insofar as the steady-state levels of lariat introns are greatly increased in a Deltadbr1 strain. To gain insight to the requirements for yeast Dbr1 function, we performed a mutational analysis of 28 amino acids that are conserved in Dbr1 homologs from other organisms. We identified 13 residues (His13, Asp40, Arg45, Asp49, Tyr68, Tyr69, Asn85, His86, Glu87, His179, Asp180, His231 and His233) at which alanine substitutions resulted in lariat intron accumulation in vivo. Conservative replacements at these positions were introduced to illuminate structure-activity relationships. Residues important for Dbr1 function include putative counterparts of the amino acids that comprise the active site of the metallophosphoesterase superfamily, exemplified by the DNA phosphodiesterase Mre11. Using natural lariat RNAs and synthetic branched RNAs as substrates, we found that mutation of Asp40, Asn85, His86, His179, His231 or His233 to alanine abolishes or greatly diminishes debranching activity in vitro. Dbr1 sediments as a monomer and requires manganese as the metal cofactor for debranching.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».