Identification of chromosomal fusion sites in<i>Arabidopsis</i>mutants using sequential bicolour BAC-FISH
Notice bibliographique
Résumé
Double stranded chromosomal breaks are repaired by homologous recombination or nonhomologous end joining (NHEJ). When broken chromosome ends are fused together by NHEJ, the resulting dicentric chromosomes can be detected as anaphase bridges during the subsequent mitosis. Telomeres in the absence of functional telomerase shorten, became unprotected, and are eventually recognized by the cell repair system as double stranded breaks. As result, chromosomes of Arabidopsis thaliana plants that are deficient in the gene for telomerase reverse transcriptase (TERT) are prone to chromosome fusions. We use Arabidopsis tert-/- mutants as a model system for analyzing terminal chromosome fusions. Here we report a novel and sensitive cytogenetic assay for the identification and characterization of chromosome-terminal fusion events by employing fluorescence in situ hybridization (FISH) with multiple probes and a repeated hybridization approach. A mixture of chromosome-specific subtelomeric probes is applied successively in 3 FISH reactions to the slides containing mitotic anaphase figures with anaphase bridges. Each figure is registered by a CCD camera after each in situ hybridization procedure. By comparing the signals presented on the bridge in successive images the assessment of the particular chromosome arms involved in fusion is possible. This experimental setup enables unambiguous identification of individual chromosome ends employed in fusion events.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».