Genome Analysis Identifies the p15<sup>ink4b</sup> Tumor Suppressor as a Direct Target of the ZNF217/CoREST Complex
Notice bibliographique
Résumé
The ZNF217 oncoprotein is a constituent of a core transcriptional complex that includes CoREST, histone deacetylase 1/2, lysine demethylase 1, and the C-terminal binding protein 1/2. We have combined genome-wide expression profiling and chromatin immunoprecipitation with directed selection and ligation (ChIP-DSL) to identify a subset of genes directly regulated by ZNF217. Our results establish p15(ink4b) as a direct target of the ZNF217 complex. Downregulation of ZNF217 in MCF-7 breast cancer cells resulted in a dramatic increase in p15(ink4b) expression and coincided with increases in dimethylation of H3-K4 and, surprisingly, a decrease in K9/K14-H3 acetylation. Stimulation of HaCaT cells with transforming growth factor beta (TGF-beta) resulted in a release of ZNF217 and a concomitant binding of SMAD2 to the proximal promoter, which preceded increases in ink4b protein expression. Furthermore, the changes in chromatin marks at the p15(ink4b) promoter following TGF-beta stimulation were similar to those observed following ZNF217 downregulation. Collectively, these results establish the ZNF217 complex as a novel negative regulator of the p15(ink4b) gene and may constitute an important link between amplification of ZNF217 and the loss of TGF-beta responsiveness in breast cancer.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».