DNA polymorphism and molecular diagnosis in <i>Inonotus</i> spp.
Notice bibliographique
Résumé
Specific polymerase chain reaction (PCR) primers were developed for the internal transcribed spacer (ITS) region of the rDNA gene of Inonotus tomentosus, the causal agent of tomentosus root rot of conifers. The primers were designed to specifically amplify DNA from I. tomentosus and allow its differentiation from Inonotus leporinus and from Phellinus pini s.l., which are morphologically very similar to I. tomentosus in culture. The PCR amplification was carried out successfully from DNA extracted from fruiting bodies and cultures and can potentially be used to detect the pathogen from environmental samples for survey and management purposes. The PCR assay was validated with 42 samples from seven coniferous hosts originating from eight provinces or states across the North American continent. No cross reaction was observed with DNA of several other species of the same genus, with Phellinus pini or with white spruce (Picea glauca), a conifer host of I. tomentosus. Phylogenetic analysis of the ITS region for six species of Inonotus suggests that these resulted from the adaptation of a generalist ancestor to different ecological niches. It also appears that divergent evolution of an ancestor occupying different ecological niches has driven the speciation process, which subsequently conferred specificity to either coniferous or deciduous trees.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».