Volumetric properties of the formation of double stranded DNA: A nearest‐neighbor analysis
Notice bibliographique
Résumé
The kinetics of the helix-coil transition have been studied by performing UV-monitored melting and reannealing curves of DNA and analyzing the resultant hysteresis between these curves. The analysis assumes a single-step bimolecular transition with duplex formation defined as the forward reaction. Volume parameters of the helix-coil transition were obtained by measuring the pressure dependence of the rate constants from 5-200 MPa. The data were interpreted in terms of several possible nearest-neighbor models, ranging from one to eleven parameters. Twenty-four oligonucleotide duplexes 22 base pairs in length were used to solve for individual nearest-neighbor activation volumes and transition volumes. Statistically, the most valid fit of the volumetric data was obtained with a six-parameter model in which the directionality of the dinucleotide steps is not considered, for example, 5'AG/CT is the same as 5'GA/TC. The resultant transition volumes at 48 degrees C ranged from -7.1 +/- 0.8 mL/mol (GC/CG) to +2.9 +/- 0.3 mL/mol (AA/TT). The success of the six-parameter model suggests that the relative size of the nearest-neighbor dinucleotides is the most important factor determining the magnitude of the volumetric parameters. The finding that the magnitude of the volumetric parameters correlates with the change in the solvent accessible surface area of the bases during the helix-coil transition corroborates this hypothesis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».