Reduced Representation Genome Sequencing Suggests Low Diversity on the Sex Chromosomes of Tonkean Macaque Monkeys
Notice bibliographique
Résumé
In species with separate sexes, social systems can differ in the relative variances of male versus female reproductive success. Papionin monkeys (macaques, mangabeys, mandrills, drills, baboons, and geladas) exhibit hallmarks of a high variance in male reproductive success, including a female-biased adult sex ratio and prominent sexual dimorphism. To explore the potential genomic consequences of such sex differences, we used a reduced representation genome sequencing approach to quantifying polymorphism at sites on autosomes and sex chromosomes of the tonkean macaque (Macaca tonkeana), a species endemic to the Indonesian island of Sulawesi. The ratio of nucleotide diversity of the X chromosome to that of the autosomes was less than the value (0.75) expected with a 1:1 sex ratio and no sex differences in the variance in reproductive success. However, the significance of this difference was dependent on which outgroup was used to standardize diversity levels. Using a new model that includes the effects of varying population size, sex differences in mutation rate between the autosomes and X chromosome, and GC-biased gene conversion (gBGC) or selection on GC content, we found that the maximum-likelihood estimate of the ratio of effective population size of the X chromosome to that of the autosomes was 0.68, which did not differ significantly from 0.75. We also found evidence for 1) a higher level of purifying selection on genic than nongenic regions, 2) gBGC or natural selection favoring increased GC content, 3) a dynamic demography characterized by population growth and contraction, 4) a higher mutation rate in males than females, and 5) a very low polymorphism level on the Y chromosome. These findings shed light on the population genomic consequences of sex differences in the variance in reproductive success, which appear to be modest in the tonkean macaque; they also suggest the occurrence of hitchhiking on the Y chromosome.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».