Interrogating 11 Fast-Evolving Genes for Signatures of Recent Positive Selection in Worldwide Human Populations
Notice bibliographique
Résumé
Different signatures of natural selection persist over varying time scales in our genome, revealing possible episodes of adaptative evolution during human history. Here, we identify genes showing signatures of ancestral positive selection in the human lineage and investigate whether some of those genes have been evolving adaptatively in extant human populations. Specifically, we compared more than 11,000 human genes with their orthologs in chimpanzee, mouse, rat, and dog and applied a branch-site likelihood method to test for positive selection on the human lineage. Among the significant cases, a robust set of 11 genes was then further explored for signatures of recent positive selection using single nucleotide polymorphism (SNP) data. We genotyped 223 SNPs in 39 worldwide populations from the HGDP-CEPH diversity panel and supplemented this information with available genotypes for up to 4,814 SNPs distributed along 2 Mb centered on each gene. After exploring the allele frequency spectrum, population differentiation and the maintenance of long unbroken haplotypes, we found signals of recent adaptative phenomena in only one of the 11 candidate gene regions. However, the signal of recent selection in this region may come from a different, neighboring gene (CD5) rather than from the candidate gene itself (VPS37C). For this set of positively selected genes in the human lineage, we find no indication that these genes maintained their rapid evolutionary pace among human populations. Based on these data, it therefore appears that adaptation for human-specific and for population-specific traits may have involved different genes.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».