Molecular Basis of TCR Selectivity, Cross-Reactivity, and Allelic Discrimination by a Bacterial Superantigen: Integrative Functional and Energetic Mapping of the SpeC-Vβ2.1 Molecular Interface
Notice bibliographique
Résumé
Superantigens activate large fractions of T cells through unconventional interactions with both TCR beta-chain V domains (Vbetas) and MHC class II molecules. The bacterial superantigen streptococcal pyrogenic exotoxin C (SpeC) primarily stimulates human Vbeta2(+) T cells. Herein, we have analyzed the SpeC-Vbeta2.1 interaction by mutating all SpeC residues that make contact with Vbeta2.1 and have determined the energetic and functional consequences of these mutations. Our comprehensive approach, including mutagenesis, functional readouts from both bulk T cell populations, and an engineered Vbeta2.1(+) Jurkat T cell, as well as surface plasmon resonance binding analysis, has defined the SpeC "functional epitope" for TCR engagement. Although only two SpeC residues (Tyr(15) and Arg(181)) are critical for activation of virtually all human CD3(+) T cells, a larger cluster of four hot spot residues are required for interaction with Vbeta2.1. Three of these residues (Tyr(15), Phe(75), and Arg(181)) concentrate their binding energy on the CDR2 loop residue Ser(52a), a noncanonical residue insertion found only in Vbeta2 and Vbeta4 chains. Plasticity of this loop is important for recognition by SpeC. Although SpeC interacts with the Vbeta2.1 hypervariable CDR3 loop, our data indicate these contacts have little to no influence on the functional interaction with Vbeta2.1. These studies also provide a molecular basis for selectivity and cross-reactivity of SpeC-TCR recognition and reveal a degree of fine specificity in these interactions, whereby certain SpeC mutants are capable of distinguishing between different alleles of the same Vbeta domain subfamily.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».