Effects of folate deficiency on gene expression in the apoptosis and cancer pathways in colon cancer cells
Notice bibliographique
Résumé
Folate is a B vitamin, deficiency of which appears to increase the risk of developing several malignancies including colorectal cancer. In contrast to the cancer-promoting effect of folate deficiency in normal tissues, several lines of evidence indicate that folate depletion suppresses the progression of existing neoplasms and enhance the sensitivity of cancer cells to chemotherapy. Folate mediates the transfer of one-carbon necessary for the de novo biosynthesis of purines and thymidylate, and hence is an essential factor for DNA synthesis and repair, and the maintenance of DNA integrity and stability. Folate deficiency induces DNA strand breaks, increases uracil misincorporation into DNA, impairs DNA repair and appears to induce apoptosis. Although the effects of folate depletion on DNA integrity and apoptosis and on subsequent cancer development, progression and treatment in colonic epithelial cells have been well characterized, it is largely unknown at present how folate depletion modulates specific upstream genes in apoptosis and cancer pathways that regulate these processes. We therefore investigated the effects of folate depletion on expression of genes involved in apoptosis and cancer pathways in four human colon adenocarcinoma cell lines in an in vitro model of folate deficiency. Apoptosis and cancer pathway-specific mini-microarray were used to screen for differentially expressed genes in response to folate deficiency, and the expression of seven most notably and consistently affected genes was confirmed by real time RT-PCR. Our data suggest that folate deficiency affects the expression of key genes that are related to cell cycle control, DNA repair, apoptosis and angiogenesis in a cell-specific manner. Cell-specificity in gene expression changes in response to folate deficiency is likely due to significant differences in molecular and phenotypic characteristics, growth rates and intracellular folate concentrations among the four cell lines.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».