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Enregistrement W2121906867 · doi:10.1038/nature08987

International network of cancer genome projects

2010· article· en· W2121906867 sur OpenAlexaff
Fabien Calvo, Iiro Eerola, Daniela S. Gerhard, Alan F. Guttmacher, Mark S. Guyer, Jennifer L. Jennings, David Kerr, Peter Klatt, Patrik Kolar, David P. Lane, Frank Laplace, Gerd Nettekoven, Brad Ozenberger, T. S. Rao, Jacques Remacle, Tatsuhiro Shibata, Joseph G. Vockley, Koichi Watanabe, Huanming Yang, M.M.F. Yuen, Martin Bobrow, Anne Cambon‐Thomsen, Lynn G. Dressler, Yann Joly, Pilar Nicolás, Michael Parker, Emmanuelle Rial‐Sebbag, Carlos M. Romeo-Casabona, Susan Wallace, Georgia L. Wiesner, Nikolajs Zeps, Christian Chabannon, Bruno Clément, Françoise Degos, Peter Geary, D. Neil Hayes, Thomas J. Hudson, Amber L. Johns, Hidewaki Nakagawa, Miguel Á. Piris, Rajiv Sarin, Aldo Scarpa, Marc J. van de Vijver, P. Andrew Futreal, Hiroyuki Aburatani, Mónica Bayés, Xavier Estivill, Sean M. Grimmond, Martin Hirst, Marco A. Marra, John D. McPherson, Zemin Ning, Yijun Ruan, Harold Swerdlow, Victor E. Velculescu, Liu Yang, Gary D. Bader, Paul C. Boutros, Paul Flicek, Gad Getz, Roderic Guigó, Guangwu Guo, David Haussler, Tao Jiang, Qibin Li, Ruibang Luo, B. F. Francis Ouellette, John V. Pearson, Xosé S. Puente, Vı́ctor Quesada, Benjamin J. Raphael, Chris Sander, Terence P. Speed, Joshua M. Stuart, Yasushi Totoki, Honglong Wu, Shancen Zhao, Guangyu Zhou, Paul T. Spellman, Teruhiko Yoshida, Myles Axton, Linda J. Miller, Junjun Zhang, Syed Haider, Jianxin Wang, Christina K. Yung, Anthony Cross, Yong Liang, Saravanamuttu Gnaneshan, Jonathan M. Guberman, Jack Shih‐Chieh Hsu, Drc Chalmers, Karl W. Hasel, Terry Sheung-Hung Kaan, William W. Lowrance, Tohru Masui, Laura Lyman Rodriguez, Catherine Vergely, David D.L. Bowtell, Nicole Cloonan, Anna DeFazio, James R. Eshleman, Dariush Etemadmoghadam, Brooke A. Gardiner, James G. Kench, Robert L. Sutherland, Margaret A. Tempero, Peter J. Wilson, Steve Gallinger, Patricia Shaw, Gloria M. Petersen, Debabrata Mukhopadhyay, Sarah P. Thayer, Kamran Shazand, Timothy Beck, Michelle Sam, Lee E. Timms, Vanessa Ballin, Youyong Lu, Jiafu Ji, Xiuqing Zhang, Feng Chen, Xueda Hu, Qi Yang, Geng Tian, Lianhai Zhang, Xiaofang Xing, Xianghong Li, Zhenggang Zhu, Yingyan Yu, Jun Yu, Mark Lathrop, Jörg Tost, Paul Brennan, Ivana Holcátová, Давид Заридзе, Alvis Brāzma, Egor Prokhortchouk, Rosamonde E. Banks, Mathias Uhlén, Juris Vīksna, Fredrik Pontén, Konstantin Skryabin, Ewan Birney, Ake Borg, Carlos Caldas, Sancha Martin, Jorge S. Reis-Filho, Andrea L. Richardson, Christos Sotiriou

Notice bibliographique

RevueNature · 2010
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer Genomics and Diagnostics
Établissements canadiensBC Cancer AgencyHospital for Sick ChildrenLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteToronto General HospitalMcGill University and Génome Québec Innovation CentreUniversity of British ColumbiaMcGill UniversityCanada's Michael Smith Genome Sciences CentreGenome CanadaUniversity Health NetworkUniversity of TorontoCanadian Women's Health NetworkOntario Institute for Cancer Research
Organismes subventionnairesNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Cancer InstituteNational Human Genome Research InstituteWellcome Trust
Mots-clésGenomeCancerBiologyComputational biologyGenomicsGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Hundreds of individual human cancer genome sequences are expected to be published in 2010, and thousands per year after that. The International Cancer Genome Consortium (ICGC) was launched with the aim of keeping track of the data relating to large-scale cancer genome studies of all major cancers in adults and children — a total of 50 different cancer types and/or subtypes. In this issue the ICGC team ( http://www.icgc.org ) spells out the policies and planning for the project. The International Cancer Genome Consortium (ICGC) was launched to coordinate large-scale cancer genome studies in tumours from 50 different cancer types and/or subtypes that are of clinical and societal importance across the globe. Systematic studies of more than 25,000 cancer genomes at the genomic, epigenomic and transcriptomic levels will reveal the repertoire of oncogenic mutations, uncover traces of the mutagenic influences, define clinically relevant subtypes for prognosis and therapeutic management, and enable the development of new cancer therapies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,007
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,012
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,066
Score d'incertitude au seuil0,221

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0070,012
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,001
Bibliométrie0,0120,026
Études des sciences et des technologies0,0020,001
Communication savante0,0040,001
Science ouverte0,0030,005
Intégrité de la recherche0,0020,004
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0660,034

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,004
Tête enseignante GPT0,262
Écart entre enseignants0,258 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreAutre

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2 415
Publié2010
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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