Genetic dissection of chlorate respiration in <scp> <i>P</i> </scp> <i>seudomonas stutzeri</i> <scp>PDA</scp> reveals syntrophic (per)chlorate reduction
Notice bibliographique
Résumé
Genes important for growth of Pseudomonas stutzeri PDA on chlorate were identified using a randomly DNA bar-coded transposon mutant library. During chlorate reduction, mutations in genes encoding the chlorate reductase clrABC, predicted molybdopterin cofactor chaperon clrD, molybdopterin biosynthesis and two genes of unknown function (clrE, clrF) had fitness defects in pooled mutant assays (Bar-seq). Markerless in-frame deletions confirmed that clrA, clrB and clrC were essential for chlorate reduction, while clrD, clrE and clrF had less severe growth defects. Interestingly, the key detoxification gene cld was essential for chlorate reduction in isogenic pure culture experiments, but showed only minor fitness defects in Bar-seq experiments. We hypothesized this was enabled through chlorite dismutation by the community, as most strains in the Bar-seq library contained an intact cld. In support of this, Δcld grew with wild-type PDA or ΔclrA, and purified Cld also restored growth to the Δcld mutant. Expanding on this, wild-type PDA and a Δcld mutant of the perchlorate reducer Azospira suillum PS grew on perchlorate in co-culture, but not individually. These results demonstrate that co-occurrence of cld and a chloroxyanion reductase within a single organism is not necessary and raises the possibility of syntrophic (per)chlorate respiration in the environment.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».