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Enregistrement W2122417188 · doi:10.4049/jimmunol.174.1.340

The Functional and Structural Properties of MD-2 Required for Lipopolysaccharide Binding Are Absent in MD-1

2005· article· en· W2122417188 sur OpenAlexaff
Naoko Tsuneyoshi, Kenji Fukudome, Jun Kohara, Rika Tomimasu, Jean‐François Gauchat, Hiroshi Nakatake, Masao Kimoto

Notice bibliographique

RevueThe Journal of Immunology · 2005
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueImmune Response and Inflammation
Établissements canadiensUniversité de Montréal
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMutantChemistryLipopolysaccharideAlanineBinding siteMutationBiochemistryTransmembrane proteinTransfectionEscherichia coliMolecular biologyGeneBiologyAmino acidReceptor

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

MD-1 and MD-2 are secretory glycoproteins that exist on the cell surface in complexes with transmembrane proteins. MD-1 is anchored by radioprotective 105 (RP105), and MD-2 is associated with TLR4. In vivo studies revealed that MD-1 and MD-2 have roles in responses to LPS. Although the direct binding function of MD-2 to LPS has been observed, the physiological function of MD-1 remains unknown. In this study, we compared the LPS-binding functions of MD-1 and MD-2. LPS binding to cell surface complexes was detected for cells transfected with TLR4/MD-2. In contrast, binding was not observed for RP105/MD-1-transfected cells. When rMD-2 protein was expressed in Escherichia coli, it was purified in complexes containing LPS. In contrast, preparations of MD-1 did not contain LPS. When rMD-2 protein was prepared in a mutant strain lacking the lpxM gene, LPS binding disappeared. Therefore, the secondary myristoyl chain attached to the (R)-3-hydroxymyristoyl chain added by LpxM is required for LPS recognition by MD-2, under these conditions. An amphipathic cluster composed of basic and hydrophobic residues in MD-2 has been suggested to be the LPS-binding site. We specifically focused on two Phe residues (119 and 121), which can associate with fatty acids. A mutation at Phe(191) or Phe(121) strongly reduced binding activity, and a double mutation at these residues prevented any binding from occurring. The Phe residues are present in MD-2 and absent in MD-1. Therefore, the LPS recognition mechanism by RP105/MD-1 is distinct from that of TLR4/MD-2.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,234
Écart entre enseignants0,212 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations46
Publié2005
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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