NUCLEOMORPH KARYOTYPE DIVERSITY IN THE FRESHWATER CRYPTOPHYTE GENUS <i>CRYPTOMONAS</i><sup>1</sup>
Notice bibliographique
Résumé
Cryptophytes are unicellular, biflagellate algae with plastids (chloroplasts) derived from the uptake of a red algal endosymbiont. These organisms are unusual in that the nucleus of the engulfed red alga persists in a highly reduced form called a nucleomorph. Nucleomorph genomes are remarkable in their small size (<1,000 kilobase pairs [kbp]) and high degree of compaction (∼1 kbp per gene). Here, we investigated the molecular and karyotypic diversity of nucleomorph genomes in members of the genus Cryptomonas. 18S rDNA genes were amplified, sequenced, and analyzed from C. tetrapyrenoidosa Skuja CCAP979/63, C. erosa Ehrenb. emmend. Hoef-Emden CCAP979/67, Cryptomonas sp. CCAP979/52, C. lundii Hoef-Emden et Melkonian CCAP979/69, and C. lucens Skuja CCAP979/35 in the context of a large set of publicly available nucleomorph 18S rDNA sequences. Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) was used to examine the nucleomorph genome karyotype of each of these strains. Individual chromosomes ranged from ∼160 to 280 kbp in size, with total genome sizes estimated to be ∼600-655 kbp. Unexpectedly, the nucleomorph karyotype of Cryptomonas sp. CCAP979/52 is significantly different from that of C. tetrapyrenoidosa and C. lucens, despite the fact that their 18S rDNA genes are >99% identical to one another. These results suggest that nucleomorph karyotype similarity is not a reliable indicator of evolutionary affinity and provides a starting point for further investigation of the fine-scale dynamics of nucleomorph genome evolution within members of the genus Cryptomonas.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».