Region-specific gene expression profiling along the human epididymis
Notice bibliographique
Résumé
During their transit through the epididymis, spermatozoa undergo many biochemical modifications necessary to acquire flagellar motility and fertilizing ability. These modifications, collectively called sperm maturation, are well orchestrated along the epididymis and depend on highly regionalized gene expression patterns. Based on clinical observations, the role of the epididymis in human sperm maturation has been questioned. To further understand the function of the excurrent duct in humans, we analysed gene expression of three donors on 'Affymetrix human GeneChip U133 plus 2' representing 47,000 transcriptional variants. More than 50% of transcripts were detected in each epididymal region. The analysis of hierarchical clustering performed from 2274 modulated qualifers between the three regions revealed that 1184, 713 and 269 were highly expressed in the caput, corpus and cauda region, respectively, in a very specific manner. The expressed qualifers were grouped according their similarity by Gene Ontology to give an overview of the functional features of the encoded proteins and to elucidate their potential roles in the epididymis. Northern blot analysis of eight gene transcripts predicted by microarray data to be highly expressed in the human epididymis was performed. All the transcript expression patterns confirmed the microarrays results. The data generated in this study demonstrate a region-specific gene expression pattern along the human epididymis that seems to coincide with the morphologically distinctive features of the excurrent duct.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».