Inhibition of pre-mRNA splicing by synthetic branched nucleic acids
Notice bibliographique
Résumé
The cellular transformation of a precursor mRNA (pre-mRNA) into its mature or functional form proceeds by way of a splicing reaction, in which the exons are ligated to form the mature linear RNA and the introns are excised as branched or lariat RNAs. We have prepared a series of branched compounds (bRNA and bDNA), and studied the effects of such molecules on the efficiency of mammalian pre-mRNA splicing in vitro. Y-shaped RNAs containing an unnatural L-2'-deoxycytidine unit (L-dC) at the 3' termini are highly stabilized against exonuclease hydrolysis in HeLa nuclear extracts, and are potent inhibitors of the splicing pathway. A bRNA containing internal 2'-O-methyl ribopyrimidine units and L-dC at the 3' ends was at least twice as potent as the most potent of the bRNAs containing no 2' modifications, with an IC50 of approximately 5 micro M. Inhibitory activity was maintained in a branched molecule containing an arabino-adenosine branchpoint which, unlike the native bRNAs, resisted cleavage by the lariat- debranching enzyme. The data obtained suggest that binding and sequestering of a branch recognition factor by the branched nucleic acids is an early event, which occurs prior to the first chemical step of splicing. Probably, an early recognition element preferentially binds to the synthetic branched molecules over the native pre-mRNA. As such, synthetic bRNAs may prove to be invaluable tools for the purification and identification of the putative branchpoint recognition factor.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».