Dynamic Changes in Accessibility, Nuclear Positioning, Recombination, and Transcription at the <i>Ig</i> κ Locus
Notice bibliographique
Résumé
The 3-megabase Igkappa locus undergoes differentially controlled nuclear positioning events and chromatin structural changes during the course of B cell development. The temporal association of chromatin structural changes, transcription, and recombination at the Igkappa locus was determined in a murine pre-B cell line that can be induced to recombine at the Igkappa locus and in ex vivo-cultured murine pre-B cells. Additionally, the timing of nuclear positioning relative to the temporal order of chromatin structural changes and recombination and transcription was determined. We demonstrate that before induction, the Igkappa locus was poised for recombination; both alleles were in a contracted state, and the enrichment of histone modifications and germline transcripts of specific Vkappa genes were observed. Histone modifications of the Vkappa genes did not vary upon induction but the levels of modifications correlated with the levels of germline Vkappa gene transcripts and recombination. Upon induction, but before VkappaJkappa recombination, centromeric recruitment of single Igkappa alleles occurred. DNase I sensitivity of the entire locus increased gradually over the course of differentiation while the enrichment of histone modifications downstream of the Vkappa genes was increased in the silencer regions upstream of Jkappa1, within the Igkappa sterile transcript, the kappa constant region, the Ekappai and Ekappa3' enhancers, and the recombining sequence. The ex vivo pre-B cells showed similar patterns of histone modifications across the locus except at the Vkappa genes. In this study, H3 acetylation correlated with levels of germline transcripts while H3 methylation correlated with levels of recombination.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».