An Intact U5-Leader Stem Is Important for Efficient Replication of Simian Immunodeficiency Virus
Notice bibliographique
Résumé
Previous work has shown that four deletions in simian immunodeficiency virus (SIV), termed SD1a, SD1b, SD1c, and SD6, which eliminated sequences at nucleotide positions 322 to 362, 322 to 370, 322 to 379, and 371 to 379, respectively, located downstream of the primer binding site, impaired viral replication capacity to different extents. Long-term culturing of viruses containing the SD1a, SD1b, and SD6 deletions led to revertants that possessed wild-type replication kinetics. We now show that these revertants retained the original deletions in each case but that novel additional mutations were also present. These included a large deletion termed D1 (nt +216 to +237) within the U5 region that was shown to be biologically relevant to reversion of both the SD1a and SD1b constructs. In the case of SD6, two compensatory point mutations, i.e., A+369G, termed M1, located immediately upstream of the SD6 deletion, and C+201T, termed M2, within U5, were identified and could act either singly or in combination to restore viral replication. Secondary structure suggests that an intact U5-leader stem is important in SIV for infectiousness and that the additional mutants described played important roles in restoration of this motif.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».