Determinants of targeting by endogenous and exogenous microRNAs and siRNAs
Pourquoi ce travail est-il dans la base ?
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Aucune affiliation canadienne. Une base fondée sur la seule affiliation (le devis habituel) n'aurait jamais vu ce travail. C'est l'un des travaux qui justifient l'inversion de la base.
Scores machine (provisoires)
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
- Écart entre enseignants
- 0,225 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
- Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline· tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle
Résumé
Vertebrate mRNAs are frequently targeted for post-transcriptional repression by microRNAs (miRNAs) through mechanisms involving pairing of 3' UTR seed matches to bases at the 5' end of miRNAs. Through analysis of expression array data following miRNA or siRNA overexpression or inhibition, we found that mRNA fold change increases multiplicatively (i.e., log-additively) with seed match count and that a single 8 mer seed match mediates down-regulation comparable to two 7 mer seed matches. We identified several targeting determinants that enhance seed match-associated mRNA repression, including the presence of adenosine opposite miRNA base 1 and of adenosine or uridine opposite miRNA base 9, independent of complementarity to the siRNA/miRNA. Increased sequence conservation in the approximately 50 bases 5' and 3' of the seed match and increased AU content 3' of the seed match were each independently associated with increased mRNA down-regulation. All of these determinants are enriched in the vicinity of conserved miRNA seed matches, supporting their activity in endogenous miRNA targeting. Together, our results enable improved siRNA off-target prediction, allow integrated ranking of conserved and nonconserved miRNA targets, and show that targeting by endogenous and exogenous miRNAs/siRNAs involves similar or identical determinants.
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La notice
- Revue
- RNA
- Thématique
- MicroRNA in disease regulation
- Domaine
- Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
- Établissements canadiens
- —
- Organismes subventionnaires
- National Institutes of HealthNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaKnut och Alice Wallenbergs Stiftelse
- Mots-clés
- BiologymicroRNASmall interfering RNAPsychological repressionEndogenyMessenger RNARNAGeneticsComputational biologyCell biologyGene expressionGeneBiochemistry
- Résumé présent dans OpenAlex
- oui