Binding Site Determinants for the LysR-Type Transcriptional Regulator PcaQ in the Legume Endosymbiont <i>Sinorhizobium meliloti</i>
Notice bibliographique
Résumé
LysR-type transcriptional regulators represent one of the largest groups of prokaryotic regulators described to date. In the gram-negative legume endosymbiont Sinorhizobium meliloti, enzymes involved in the protocatechuate branch of the beta-ketoadipate pathway are encoded within the pcaDCHGB operon, which is subject to regulation by the LysR-type protein PcaQ. In this work, purified PcaQ was shown to bind strongly (equilibrium dissociation constant, 0.54 nM) to a region at positions -78 to -45 upstream of the pcaD transcriptional start site. Within this region, we defined a PcaQ binding site with dyad symmetry that is required for regulation of pcaD expression in vivo and for binding of PcaQ in vitro. We also demonstrated that PcaQ participates in negative autoregulation by monitoring expression of pcaQ via a transcriptional fusion to lacZ. Although pcaQ homologues are present in many alpha-proteobacteria, this work describes the first reported purification of this regulator, as well as characterization of its binding site, which is conserved in Agrobacterium tumefaciens, Rhizobium leguminosarum, Rhizobium etli, and Mesorhizobium loti.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».