Real-Time Monitoring of the Interactions of Two-Stranded <i>de Novo</i> Designed Coiled-Coils: Effect of Chain Length on the Kinetic and Thermodynamic Constants of Binding
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
We have de novo designed a heterodimeric coiled-coil formed by two peptides as a capture/delivery system that can be used in applications such as affinity tag purification, immobilization in biosensors, etc. The two strands are designated as K coil (KVSALKE heptad sequence) and E coil (EVSALEK heptad sequence), where positively charged or negatively charged residues occupy positions e and g of the heptad repeat. In this study, for each E coil or K coil, three peptides were synthesized with lengths varying from three to five heptads. The effect of the chain length of each partner upon the kinetic and thermodynamic constants of interaction were determined using a surface plasmon resonance-based biosensor. Global fitting of the interactions revealed that the E5 coil interacted with the K5 coil according to a simple binding model. All the other interactions involving shorter coils were better described by a more complex kinetic model involving a rate-limiting reorganization of the coiled-coil structure. The affinities of these de novo designed coiled-coil interactions were found to range from 60 pM (E5/K5) to 30 microM (E3/K3). From these K(d) values, we were able to determine the free energy contribution of each heptad, depending on its relative position within the coiled-coils. We found that the free energy contribution of a heptad occupying a central position was 3-fold higher than that of a heptad at either end of the coiled-coil. The wide range of stabilities and affinities for the E/K coil system provides considerable flexibility for protein engineering and biotechnological applications.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle