Randomized codon mutagenesis reveals that the HIV Rev arginine‐rich motif is robust to substitutions and that double substitution of two critical residues alters specificity
Notice bibliographique
Résumé
The binding of the arginine-rich motif (ARM) of HIV Rev protein to its high-affinity site in stem IIB in the Rev response element (RRE) initiates assembly of a ribonucleoprotein complex that mediates the export of essential, incompletely spliced viral transcripts. Many biochemical, genetic, and structural studies of Rev-RRE IIB have been published, yet the roles of many peptide residues in Rev ARM are unconfirmed by mutagenesis. Rev aptamer I (RAI) is an optimized RRE IIB that binds Rev with higher affinity and for which mutational data are sparse. Randomized-codon libraries of Rev ARM were assayed for their ability to bind RRE IIB and RAI using a bacterial reporter system based on bacteriophage λ N-nut antitermination. Most Rev ARM residues tolerated substitutions without strong loss of binding to RRE IIB, and all except arginine 39 tolerated substitution without strong loss of binding to RAI. The pattern of critical Rev residues is not the same for RRE IIB and RAI, suggesting important differences between the interactions. The results support and aid the interpretation of existing structural models. Observed clinical variation is consistent with additional constraints on Rev mutation. By chance, we found double mutants of two highly critical residues, arginine 35 (to glycine) and asparagine 40 (to valine or lysine), that bind RRE IIB well, but not RAI. That an apparently distinct binding mode occurs with only two mutations highlights the ability of ARMs to evolve new recognition strategies and supports the application of neutral theories of evolution to protein-RNA recognition.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».