Dynamics of gene silencing during X inactivation using allele-specific RNA-seq
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: During early embryonic development, one of the two X chromosomes in mammalian female cells is inactivated to compensate for a potential imbalance in transcript levels with male cells, which contain a single X chromosome. Here, we use mouse female embryonic stem cells (ESCs) with non-random X chromosome inactivation (XCI) and polymorphic X chromosomes to study the dynamics of gene silencing over the inactive X chromosome by high-resolution allele-specific RNA-seq. RESULTS: Induction of XCI by differentiation of female ESCs shows that genes proximal to the X-inactivation center are silenced earlier than distal genes, while lowly expressed genes show faster XCI dynamics than highly expressed genes. The active X chromosome shows a minor but significant increase in gene activity during differentiation, resulting in complete dosage compensation in differentiated cell types. Genes escaping XCI show little or no silencing during early propagation of XCI. Allele-specific RNA-seq of neural progenitor cells generated from the female ESCs identifies three regions distal to the X-inactivation center that escape XCI. These regions, which stably escape during propagation and maintenance of XCI, coincide with topologically associating domains (TADs) as present in the female ESCs. Also, the previously characterized gene clusters escaping XCI in human fibroblasts correlate with TADs. CONCLUSIONS: The gene silencing observed during XCI provides further insight in the establishment of the repressive complex formed by the inactive X chromosome. The association of escape regions with TADs, in mouse and human, suggests that TADs are the primary targets during propagation of XCI over the X chromosome.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».