DNAskew: Statistical Analysis of Base Compositional Asymmetry and Prediction of Replication Boundaries in the Genome Sequences
Notice bibliographique
Résumé
Sueoka and Lobry declared respectively that, in the absence of bias between the two DNA strands for mutation and selection, the base composition within each strand should be A=T and C=G (this state is called Parity Rule type 2, PR2). However, the genome sequences of many bacteria, vertebrates and viruses showed asymmetries in base composition and gene direction. To determine the relationship of base composition skews with replication orientation, gene function, codon usage biases and phylogenetic evolution, in this paper a program called DNAskew was developed for the statistical analysis of strand asymmetry and codon composition bias in the DNA sequence. In addition, the program can also be used to predict the replication boundaries of genome sequences. The method builds on the fact that there are compositional asymmetries between the leading and the lagging strand for replication. DNAskew was written in Perl script language and implemented on the LINUX operating system. It works quickly with annotated or unannotated sequences in GBFF (GenBank flatfile) or fasta format. The source code is freely available for academic use at http://www.epizooty.com/pub/stat/DNAskew.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,015 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,008 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».