Sequence of the Genome of the Temperate, Serotype-Converting, <i>Pseudomonas aeruginosa</i> Bacteriophage D3
Notice bibliographique
Résumé
Temperate bacteriophage D3, a member of the virus family Siphoviridae, is responsible for serotype conversion in its host, Pseudomonas aeruginosa. The complete sequence of the double-stranded DNA genome has been determined. The 56,426 bp contains 90 putative open reading frames (ORFs) and four genes specifying tRNAs. The latter are specific for methionine (AUG), glycine (GGA), asparagine (AAC), and threonine (ACA). The tRNAs may function in the translation of certain highly expressed proteins from this relatively AT-rich genome. D3 proteins which exhibited a high degree of sequence similarity to previously characterized phage proteins included the portal, major head, tail, and tail tape measure proteins, endolysin, integrase, helicase, and NinG. The layout of genes was reminiscent of lambdoid phages, with the exception of the placement of the endolysin gene, which parenthetically also lacked a cognate holin. The greatest sequence similarity was found in the morphogenesis genes to coliphages HK022 and HK97. Among the ORFs was discovered the gene encoding the fucosamine O-acetylase, which is in part responsible for the serotype conversion events.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».